La Academia Nacional de Letras fue creada por Decreto-Ley N° 10.350, del 10 de febrero de 1943, siendo presidente de la República Alfredo Baldomir y ministro de Instrucción Pública Cyro Giambruno.

El núcleo inicial de académicos, designado por el citado decreto-Ley, tomó posesión el 20 de febrero.

Estaba formado por:

• Antonio María Barbieri,
• Víctor Pérez Petit, 
• Raúl Montero Bustamante, 
• Emilio Frugoni, 
• Álvaro Armando Vasseur, 
• Juana de Ibarbourou, 
• Emilio Oribe, 
• Alberto Zum Felde y 
• Carlos  Martínez Vigil. 

Este grupo inicial eligió a los diez académicos restantes para completar los diecinueve miembros de número exigidos:

• Carlos Vaz Ferreira, 
• José Irureta Goyena, 
• Daniel Castellanos, 
• José María Delgado, 
• José Pedro Segundo, 
• Clemente Estable, 
• Dardo Regules, 
• Adolfo Berro García, 
• Carlos Sabat Ercasty y 
• Fernán Silva Valdés. 

El 6 de julio del mismo año, el Poder Ejecutivo aprobó el Estatuto y el Reglamento interno de la Academia, y el 16 se eligieron las primeras autoridades.

La Academia quedó instalada en sesión solemne el 29 de octubre de 1943.

Presidió la ceremonia el presidente de la República Juan José de Amézaga.

Hicieron uso de la palabra el ministro de Instrucción Pública Adolfo Folle Juanicó y el presidente de la Academia Raúl Montero Bustamante.

En 1960, se establecieron relaciones regulares entre la Academia Nacional de Letras y la Real Academia Española.

También ese año, la corporación uruguaya quedó formalmente reconocida por la Asociación de Academias de la Lengua Española a través del III Congreso de Academias reunido en Bogotá.

En este mismo congreso, se firmó el “Convenio Multinacional sobre Asociación de Academias de la Lengua Española”, el cual fue ratificado por el Parlamento uruguayo en 1969, convirtiéndose en la Ley No 13.775. 

La Academia se ha hecho presente, por medio de sus delegados, en los quince congresos de la ASALE realizados entre 1951 y 2015.

En nueve oportunidades (1968, 1976, 1983, 1992, 1993, 2001, 2006, 2009 y 2016) la ANL integró la Comisión Permanente de la ASALE durante un período ordinario de sesiones.

Representaron a la corporación uruguaya los siguientes académicos:

• Esther de Cáceres, 
• Celia Mieres, 
• Élida Miranda, 
• Carlos Jones Gaye, 
• Gladys Valetta Rovira, 
• Adolfo Elizaincín, 
• Ricardo Pallares y
• Marisa Malcuori

En 1996, la Academia, conjuntamente con la Comisión Permanente, organizó en Montevideo un Encuentro de Lexicógrafos de las Academias de la Lengua Española con el fin de establecer las bases teóricas y metodológicas de un diccionario académico de americanismos, publicado en 2010 con el nombre de Diccionario de Americanismos.

En 2001, en ocasión de la visita del director de la Real Academia Española, Víctor García de la Concha se concretó el acuerdo por el que la Academia Nacional de Letras pasó a ser correspondiente de la Academia madrileña.

En 2007, comenzó a funcionar, luego de aprobados los reglamentos correspondientes, el Departamento de Lengua y Literatura integrado por tres secciones: de Lexicografía, de Literatura y de Asuntos Lingüísticos. Sustituye al anterior Departamento de Investigaciones.

En 2008, se aprobó el Reglamento de Investigadores Asociados, que permite a personas interesadas en la investigación filológica incorporarse honorariamente a la corporación.

En 2010, la Academia, con la colaboración de la Facultad de Humanidades y Ciencias de la Educación de la Universidad de la República, el Instituto de Profesores Artigas y la Biblioteca Nacional organizó el Coloquio Julio Herrera y Reissig con motivo del centenario del nacimiento del poeta, en Montevideo los días 20, 27 y 28 de mayo.

En 2013 la Academia cumplió 70 años, ocasión en la que organizó, durante el mes de noviembre las Segundas Jornadas académicas hispanorrioplatenses con participación de académicos de Argentina, Chile, España, Paraguay y Uruguay, así como otros asistentes. Las comunicaciones y ponencias presentadas fueron publicadas en 2014 en el libro Segundas Jornadas académicas hispanorrioplatenses. Montevideo, 6-8 de noviembre de 2013.

En 2015, visitó la ANL el director de la Real Academia Española y presidente de la ASALE, Darío Villanueva, oportunidad en la que se le concedió el título de académico correspondiente en España.

En 2017, los días 10 y 11 de agosto, la Facultad de Humanidades y Ciencias de la Educación (FHCE) con la colaboración de la Academia Nacional de Letras (ANL) inauguraron la Cátedra Libre de Estudios Humanísticos Eugenio Coseriu en la Sala Maggiolo de la Universidad de la República.

En 2018, el 10 de julio, el presidente de la Academia Brasileira de Letras Marco Lucchesi visitó la Academia Nacional de Letras, durante el encuentro intercambiaron información sobre los proyectos en los que las instituciones están trabajando y se comprometieron a iniciar, a futuro, actividades conjuntas. 
El 12 de diciembre, junto a académicos, personal, colaboradores y amigos, Ida Vitale (Premio Cervantes 2018) celebró el cierre del año académico en la ANL.

En 2019, el 7 de agosto, la Academia participó en la celebración de los 90 años de la Biblioteca del Poder Legislativo. Durante la jornada se creó una Cápsula del Tiempo en donde junto a entidades especialmente invitadas depositaron notas bajo la consigna “¿Cómo será la Biblioteca del Poder Legislativo dentro de diez años?”.

En 2022, visitó la ANL el director de la Real Academia Española y presidente de la ASALE,  Santiago Muñoz Machado, oportunidad en la que se le concedió el título de académico correspondiente en España.

En 2023, el 7 de agosto, la Academia formaliza donación de documentación de Juan Carlos Legido para los “Archivos Literarios” de la Biblioteca Nacional.
El 5 de octubre, la Academia formaliza donación al Centro de Documentación y Estudios de Iberoamérica (CEDEI) del original mecanografiado con correcciones manuscritas de la tesis de maestría de Eufemia Wilborada Xalambrí y fotocopia de la carta dirigida por Mario Vargas Llosa a la señora Xalambrí, fechada en Londres el 10 de noviembre de 1969.